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          Institute: MPI für molekulare Genetik     Collection: Department of Vertebrate Genomics     Display Documents



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ID: 411035.0, MPI für molekulare Genetik / Department of Vertebrate Genomics
Construction and characterization of a sugar beet (Beta vulgaris) fosmid library
Authors:Lange, Cornelia; Holtgräwe, Daniela; Schulz, Britta; Weisshaar, Bernd; Himmelbauer, Heinz
Language:English
Date of Publication (YYYY-MM-DD):2008-11
Title of Journal:Genome
Volume:51
Issue / Number:11
Start Page:948
End Page:951
Copyright:© 2008 Ingenta
Review Status:not specified
Audience:Experts Only
Abstract / Description:A sugar beet (Beta vulgaris) fosmid library from the doubled haploid accession KWS2320 encompassing 115 200 independent clones was constructed and characterized. The average insert size of the fosmid library was determined by pulsed field gel electrophoresis to be 39 kbp on average, thus representing 5.9-fold coverage of the sugar beet genome (758 Mbp). PCR screening of plate pools with primer pairs against nine sugar beet genes supported the insert size estimation. BLAST searches with 2951 fosmid end-sequences originating from 1510 clones (1536 clones attempted) revealed little contamination with organellar DNA (2.1% chloroplast DNA, 0.3% mitochondrial DNA). The sugar beet fosmid library will be integrated in the presently ongoing efforts to determine the sequence of the sugar beet genome. Fosmids will be publicly available in the format of plate pools and individual clones.

Une banque de fosmides comptant 115 200 clones indépendants issus de l#x2019;ADN de l#x2019;accession haploïde doublée KWS2320 de la betterave sucrière (Beta vulgaris) a été produite et caractérisée. La taille moyenne des inserts de la banque de fosmides a été évaluée à 39 kb en moyenne par électrophorèse en champs pulsés, ce qui suggère une couverture de 5,9 fois le génome de la betterave sucrière (758 Mb). Un criblage PCR des pools de plaques avec des amorces amplifiant neuf gènes de la betterave sucrière a permis de confirmer l#x2019;estimé de la taille des inserts. Des recherches BLAST avec 2951 séquences terminales de fosmides provenant de 1510 clones (sur 1536 analyses tentées) ont révélé peu de contamination avec l#x2019;ADN des organites (2,1 % de séquences chloroplastiques, 0,3 % de séquences mitochondriales). Cette banque de fosmides de la betterave sucrière sera intégrée dans les efforts en cours en vue du séquençage du génome de la betterave sucrière. Les fosmides seront disponibles sous la forme de pools de plaques ou de clones individuels.
External Publication Status:published
Document Type:Article
Communicated by:Hans Lehrach
Affiliations:MPI für molekulare Genetik
Identifiers:ISSN:0831-2796
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